課程名稱 |
生物學的R程式語言 R Programming for Biology |
開課學期 |
112-1 |
授課對象 |
生命科學院 生命科學系 |
授課教師 |
麥德倫 |
課號 |
LS5118 |
課程識別碼 |
B21 U2620 |
班次 |
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學分 |
2.0 |
全/半年 |
半年 |
必/選修 |
選修 |
上課時間 |
星期二6,7(13:20~15:10) |
上課地點 |
生科419 |
備註 |
最好能自備筆電,須能自行安裝相關套件。限生科院、公衛學院、生農學院與醫學院等生物相關學生選修 總人數上限:25人 |
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課程簡介影片 |
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核心能力關聯 |
本課程尚未建立核心能力關連 |
課程大綱
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為確保您我的權利,請尊重智慧財產權及不得非法影印
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課程概述 |
本課程為生命科學系領域專長之系統生物學領域Level 1基礎課程,課程目標是作為生物資訊學的前備課程,對象主要為沒有任何程式經驗的學生。課程將以生命科學系的學生為主要授課對象,藉由學習基本R程式語言,來讓學生了解基本的程式設計觀念,數據上則會使用生物學相關等數據與例子,預期學生將學會程式設計(R語言)的基本概念與其在生物學上的應用,以及R語言在資料分析與視覺化的應用等,以期能讓學生日後對於其他課程需要資料分析或作圖奠定良好的基礎。為增加學生實作能力,課程會有實作練習時間,先由教師進行基本上課教學進度,再由學生練習並討論可能的撰寫方式,教師會給予提示與指導,以期學生能由實作中對上課內容有更深入的理解。 |
課程目標 |
1. 透過對R語言的基本概念與流程進行講授與導引,使修課同學能夠說明基本程式邏輯架構。
2. 藉由課堂實作練習與討論,使修課同學能夠撰寫基本的程式碼。
3. 以生物學相關案例說明,使修課同學能轉換問題至程式碼並進行基礎分析與作圖。 |
課程要求 |
● 基本電腦操作與軟體安裝能力
● 建議預修課程:無須先修課程。 |
預期每週課後學習時數 |
2-4小時 |
Office Hours |
另約時間 |
指定閱讀 |
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參考書目 |
[1] Zuur, A., Ieno, E. N., & Meesters, E. (2009). A Beginner's Guide to R. Springer Science & Business Media.
[2] Wickham, H., & Grolemund, G. (2016). R for data science: import, tidy, transform, visualize, and model data. O'Reilly Media, Inc. |
評量方式 (僅供參考) |
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針對學生困難提供學生調整方式 |
上課形式 |
提供學生彈性出席課程方式, 以錄影輔助 |
作業繳交方式 |
書面報告取代口頭報告, 口頭報告取代書面報告, 學生與授課老師協議改以其他形式呈現 |
考試形式 |
書面(口頭)報告取代考試 |
其他 |
由師生雙方議定 |
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週次 |
日期 |
單元主題 |
第1週 |
09/05 |
課程基本介紹 |
第2週 |
09/12 |
R語言的基本介紹 |
第3週 |
09/19 |
R語言的資料結構(1):向量、矩陣、陣列 |
第4週 |
09/26 |
R語言的資料結構(2):因子、資料框、列表 |
第5週 |
10/03 |
R語言的資料輸入、輸出與繪圖 |
第6週 |
10/10 |
國慶日放假 (依行事曆) |
第7週 |
10/17 |
R語言的條件、迴圈與函數(1) |
第8週 |
10/24 |
R語言的條件、迴圈與函數(2) |
第9週 |
10/31 |
R語言的綜合練習(1):海底生物的多樣性指標 |
第10週 |
11/07 |
R語言的綜合練習(2):基因表現量的數量性狀基因座 |
第11週 |
11/14 |
期中考 (筆試) |
第12週 |
11/21 |
R語言的綜合練習(3):蛋白質序列的預處理與格式重整 |
第13週 |
11/28 |
R語言的綜合練習(4):蛋白質序列的特徵找尋與胺基酸比例計算 |
第14週 |
12/05 |
R語言的進階應用:學術論文與相關原始碼之閱讀 |
第15週 |
12/12 |
期末專題 |
第16週 |
12/19 |
期末專題 |
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